ในดินมีสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิดซึ่งมีความสัมพันธ์กันเป็นสายใยอาหารขนาดใหญ่ที่ทำให้เกิดการหมุนเวียนพลังงานและสารอาหารไปยังสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่บนดิน สิ่งมีชีวิตในดินทำหน้าที่สร้างอาหารสำหรับพืชเพื่อใช้ในการเจริญเติบโต

• จุลินทรีย์กลุ่มที่มีประโยชน์ต่อพืช: ช่วยเพิ่มความเป็นประโยชน์ของธาตุอาหารในดิน เพิ่มช่องว่างในดิน และช่วยเพิ่มความแข็งแรงต้านทานโรคให้กับพืช
• จุลินทรีย์กลุ่มที่เป็นโทษต่อพืช: เช่น เชื้อก่อโรคพืชต่างๆ ซึ่งหากมีปริมาณมากจะทำให้พืชเจริญเติบโตได้ไม่ดีหรือผลผลิตเสียหาย
• จุลินทรีย์กลุ่มที่ไม่มีผลต่อพืช: เป็นองค์ประกอบของระบบนิเวศในดินแต่ไม่มีผลด้านบวกหรือลบต่อพืช

ดินปริมาณ 1 ช้อนชา มีจุลินทรีย์อยู่มากกว่า 1,000 ล้านชนิด และมีจุลินทรีย์เพียง 1% เท่านั้นที่สามารถเพาะเลี้ยงได้ ดินจึงเป็นแหล่งที่มีความหลากหลายของสิ่งมีชีวิต โดยเฉพาะความหลากหลายของจุลินทรีย์มากที่สุดในโลก