เนื่องจากมีการระบาดของปลาหมอคางดำ ทำให้มีผลกระทบต่อระบบนิเวศโดยรวมของธรรมชาติ เพราะปลาหมอคางดำมีการแพร่กระจายอย่างรวดเร็ว และมีความทนทานต่อสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนแปลง ส่งผลให้ปลาหมอคางดำมีจำนวนประชากรมากเกินไป ทำให้มีการแย่งชิงของอาหารและที่อยู่อาศัยของปลาพื้นถิ่น อีกทั้งพฤติกรรมการกินที่หลากหลายของปลาหมอคางดำอาจส่งผลให้เกิดการลดลงของสัตว์น้ำขนาดเล็กหรือพืชน้ำที่มีความสำคัญต่อระบบนิเวศอีกด้วย